Rozliczanie podatku VAT następuje w ramach procedury unijnej i nieunijnej nazywanej OSS, co jest skrótem od One Stop Shop, procedury importu z kolei rozliczane są w ramach procedury IOSS – Import One Stop Shop. OSS dla procedury unijnej i nieunijnej rozlicza się kwartalnie za pośrednictwem systemu e-Deklaracje. Z kolei IOSS rozlicza się po zakończeniu miesiąca za pośrednictwem systemu e-Deklaracje.
VAT IOSS został stworzony z myślą o sprzedaży internetowej, dzięki której sprzedawcy mogą docierać do szerszego grona odbiorców niż przy sprzedaży tradycyjnej, stacjonarnej. Procedura IOSS jest przeznaczona dla e-commerce, gdzie towar zostaje wysłany bezpośrednio spoza UE, w tej chwili najpopularniejsze kierunki to Chiny czy USA generalnie dotyczy to jednak wszystkich krajów spoza UE. SOTI, czyli sprzedaż na odległość towarów importowych to sposób funkcjonujący już całkiem długo, bo od 1 lipca 2021 roku. Co jest istotne przy tym rozwiązaniu to fakt, że IOSS działa jedynie dla przesyłek o wartości nie większej niż 150 euro z wyłączeniem towarów akcyzowych.
W ramach tej procedury VAT IOSS podatek VAT pobierany jest od nabywcy już w momencie zakupu towarów. VAT pobiera i rozlicza wówczas interfejs elektroniczny. Oczywiście by system zadziałał należy uprzednio zarejestrować się w procedurze. W praktyce oznacza to, że podmiot zarejestrowany w VAT IOSS rozlicza się w kraju, w którym rejestruje swoją działalność gospodarczą we właściwym dla siedziby urzędzie skarbowym.
Warto przypomnieć, że transakcje rozliczane w tych procedurach zarówno OSS jak i IOSS pozostają poza Krajowym Systemem e-Faktur.